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食品质量管理师证书是由国家相关部门颁发的，主要目的是为了确保食品生产企业的食品安全和质量水平，食品质量管理师证书的发证部门主要包括国家市场监督管理总局、国家卫生健康委员会、国家药品监督管理局等，这些部门在各自的职责范围内，对食品生产、加工、销售等环节进行监管，确保食品安全和质量。
国家市场监督管理总局
国家市场监督管理总局是国务院直属的部门，主要负责市场监管、质量技术监督、食品药品监管等方面的工作，在食品质量管理方面，国家市场监督管理总局主要负责制定食品安全法律法规、政策和标准，组织实施食品安全监督检查，对食品生产经营者进行许可和备案管理，以及对食品安全违法行为进行查处。
国家市场监督管理总局下属的食品生产监管司、食品经营监管司等部门，负责对食品生产企业和食品经营者进行监管，食品质量管理师证书的发证工作，主要由这些部门负责，食品质量管理师需要通过国家市场监督管理总局组织的考试，取得相应的资格证书，才能在食品生产企业和食品经营者中担任质量管理岗位。
国家卫生健康委员会
国家卫生健康委员会是国务院直属的部门，主要负责卫生和健康领域的政策制定、监督管理等工作，在食品安全方面，国家卫生健康委员会主要负责食品安全风险评估、食品安全标准制定、食品安全信息发布等工作。
国家卫生健康委员会下属的食品卫生标准与监测司、食品安全风险评估中心等部门，负责食品安全标准的制定和监测工作，食品质量管理师在食品生产企业和食品经营者中担任质量管理岗位时，需要遵循国家卫生健康委员会制定的食品安全标准，食品质量管理师证书的发证工作，也主要由这些部门负责。
国家药品监督管理局
国家药品监督管理局是国务院直属的部门，主要负责药品、医疗器械、化妆品等领域的监管工作，在食品安全方面，国家药品监督管理局主要负责保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品等特殊食品的监管工作。
国家药品监督管理局下属的特殊食品监管司等部门，负责特殊食品的生产、经营、使用等方面的监管工作，食品质量管理师在食品生产企业和食品经营者中担任质量管理岗位时，需要遵循国家药品监督管理局制定的食品安全标准，食品质量管理师证书的发证工作，也主要由这些部门负责。
食品质量管理师证书的发证部门主要包括国家市场监督管理总局、国家卫生健康委员会、国家药品监督管理局等，这些部门在各自的职责范围内，对食品生产、加工、销售等环节进行监管，确保食品安全和质量，食品质量管理师需要通过这些部门组织的考试，取得相应的资格证书，才能在食品生产企业和食品经营者中担任质量管理岗位。
