心理咨询师证书的颁发部门主要有国家卫生健康委员会、中国心理学会、中国心理卫生协会等，这些部门都有各自的优势和特点，但要说哪个部门的心理咨询师证书最好，需要从多个方面进行综合考虑。

我们可以从证书的权威性来看，国家卫生健康委员会作为国家级的政府部门，其颁发的心理咨询师证书具有很高的权威性，这意味着，持有该证书的心理咨询师在行业内具有较高的地位和认可度，而中国心理学会和中国心理卫生协会虽然也是专业性很强的组织，但其颁发的证书在权威性上可能略逊于国家卫生健康委员会。

我们可以从培训课程的质量来看，国家卫生健康委员会的心理咨询师培训课程通常由国内知名的心理学专家和教授授课，课程内容涵盖了心理咨询的各个方面，包括理论、实践、技能等，国家卫生健康委员会还会定期组织心理咨询师参加各种专业培训和学术交流活动，以提高心理咨询师的专业素质和能力，而中国心理学会和中国心理卫生协会的培训课程虽然也有一定的质量，但在师资力量和课程设置上可能略逊于国家卫生健康委员会。

我们可以从考试难度和通过率来看，国家卫生健康委员会的心理咨询师考试通常被认为是较为严格的，考试内容涉及面广，对考生的专业知识和实践能力要求较高，通过国家卫生健康委员会的心理咨询师考试并不容易，而中国心理学会和中国心理卫生协会的考试难度相对较低，通过率相对较高，这意味着，选择这两个部门的心理咨询师培训课程，学员在短期内获得证书的可能性较大。

我们还可以从证书的适用范围来看，国家卫生健康委员会的心理咨询师证书在全国范围内具有很高的认可度，可以在全国范围内从事心理咨询工作，而中国心理学会和中国心理卫生协会的证书虽然在部分地区也具有一定的认可度，但在适用范围上可能略逊于国家卫生健康委员会。

我们可以从培训费用和时间成本来看，国家卫生健康委员会的心理咨询师培训课程通常需要较长的时间投入，费用也相对较高，而中国心理学会和中国心理卫生协会的培训课程时间较短，费用相对较低，在选择心理咨询师培训课程时，还需要根据自己的经济条件和时间安排来进行权衡。

要判断哪个部门的心理咨询师证书最好，需要从证书的权威性、培训课程质量、考试难度和通过率、证书的适用范围以及培训费用和时间成本等多个方面进行综合考虑，对于有志于从事心理咨询工作的人员来说，选择适合自己的心理咨询师培训课程和证书颁发部门是非常重要的，在实际操作中，可以根据自己的兴趣、需求和经济条件，结合各个部门的优缺点，做出明智的选择。