心理咨询师证书发放机构是一个涉及到多个部门的复杂体系，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、国家卫生健康委员会（National Health Commission，简称NHC）：作为国家级的卫生行政部门，国家卫生健康委员会负责制定和实施全国心理健康工作的发展规划、政策和标准，在心理咨询师证书发放方面，国家卫生健康委员会主要负责对心理咨询师培训和考试进行监管，确保培训和考试的质量。

2、中国心理学会（China Psychological Society，简称CPS）：中国心理学会是全国性的心理学专业学术组织，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作，中国心理学会与国家卫生健康委员会密切合作，共同推动心理咨询师行业的发展。

3、各省、自治区、直辖市卫生健康行政部门：在国家卫生健康委员会的指导下，各省、自治区、直辖市卫生健康行政部门负责本地区心理咨询师培训和考试的组织和管理，这些部门需要与中国心理学会和国家卫生健康委员会保持密切沟通，确保本地区心理咨询师培训和考试的顺利进行。

4、心理咨询师培训机构：为了满足社会对心理咨询师的需求，各地设立了多家心理咨询师培训机构，这些培训机构需要具备一定的资质，由中国心理学会和国家卫生健康委员会进行认证，培训机构负责为学员提供系统的心理咨询师培训课程，帮助学员掌握心理咨询师的基本技能和知识。

5、心理咨询师考试机构：心理咨询师考试机构负责组织和管理心理咨询师的考试工作，这些机构需要与中国心理学会和国家卫生健康委员会保持密切沟通，确保考试的公平、公正和有效性，考试机构还需要与培训机构保持联系，了解培训课程的内容和进度，确保考试内容与培训内容相符合。

6、心理咨询师认证机构：心理咨询师认证机构负责对通过考试的学员进行认证，发放心理咨询师证书，这些机构需要与中国心理学会和国家卫生健康委员会保持密切沟通，确保认证工作的顺利进行，认证机构还需要与培训机构和考试机构保持联系，了解培训和考试的情况，确保认证的有效性。

心理咨询师证书发放机构涉及国家卫生健康委员会、中国心理学会、各省、自治区、直辖市卫生健康行政部门、心理咨询师培训机构、心理咨询师考试机构和心理咨询师认证机构等多个部门，这些部门需要密切合作，共同推动心理咨询师行业的发展，为广大人民群众提供优质的心理咨询服务。

在这个过程中，各个部门需要充分发挥各自的职能，加强沟通和协作，确保心理咨询师培训、考试和认证工作的顺利进行，政府部门还需要加强对心理咨询师行业的监管，确保心理咨询师具备良好的职业道德和专业素质，为广大人民群众提供高质量的心理咨询服务。