心理咨询师证书发放机构是由多个部门管理的，主要包括国家卫生健康委员会、国家教育部、国家人力资源和社会保障部等，这些部门共同制定和实施心理咨询师的培训、考核和认证制度，以确保心理咨询师的专业素质和服务质量。

1、国家卫生健康委员会

国家卫生健康委员会（简称国家卫健委）是国务院组成部门，主要负责全国卫生和健康工作的组织领导、政策法规制定、监督管理等工作，在心理咨询师证书发放方面，国家卫健委主要负责制定心理咨询师的培训大纲、考核标准和认证程序，以及监督和管理心理咨询师的培训和考核工作，国家卫健委还负责对心理咨询师的职业行为进行监管，确保心理咨询师遵守职业道德规范，为患者提供专业、安全、有效的心理咨询服务。

2、国家教育部

国家教育部是国务院组成部门，主要负责全国教育工作的组织领导、政策法规制定、监督管理等工作，在心理咨询师证书发放方面，国家教育部主要负责推动心理咨询师的教育和培训工作，包括制定心理咨询师的教育培训政策、指导和支持高校和职业院校开展心理咨询师培训、评价和认证工作，国家教育部还负责对心理咨询师的教育和培训质量进行监管，确保心理咨询师具备扎实的心理学理论基础和实践能力。

3、国家人力资源和社会保障部

国家人力资源和社会保障部（简称人社部）是国务院组成部门，主要负责全国人力资源和社会保障工作的组织领导、政策法规制定、监督管理等工作，在心理咨询师证书发放方面，人社部主要负责制定心理咨询师的职业资格标准、考核办法和认证程序，以及监督和管理心理咨询师的职业资格认定工作，人社部还负责对心理咨询师的职业发展进行指导和支持，包括推动心理咨询师的职业培训、职业发展和职业评价工作。

4、中国心理学会

中国心理学会是中国心理学工作者的学术性社会团体，主要负责推动心理学的科学研究、学术交流和人才培养工作，在心理咨询师证书发放方面，中国心理学会主要负责组织和实施心理咨询师的培训、考核和认证工作，以及制定和推广心理咨询师的职业道德规范，中国心理学会还负责对心理咨询师的培训和认证工作进行监督和指导，确保心理咨询师具备专业素质和服务质量。

5、地方卫生健康部门

地方卫生健康部门主要负责本行政区域内的卫生和健康工作，包括心理咨询师的培训、考核和认证工作，在心理咨询师证书发放方面，地方卫生健康部门主要负责组织实施心理咨询师的培训、考核和认证工作，以及监督和管理心理咨询师的培训和考核工作，地方卫生健康部门还负责对心理咨询师的职业行为进行监管，确保心理咨询师遵守职业道德规范，为患者提供专业、安全、有效的心理咨询服务。

心理咨询师证书发放机构是由多个部门共同管理的，这些部门共同制定和实施心理咨询师的培训、考核和认证制度，以确保心理咨询师的专业素质和服务质量。