物业管理师证书是由国家相关部门颁发的，用于证明持证人具备从事物业管理工作的能力和资格，物业管理师证书主要由以下几个部门颁发：

1、国家住房和城乡建设部（简称住建部）：住建部是中国政府主管住房和城乡建设的部门，负责制定和实施住房政策、城乡规划、工程建设、房地产市场监管等方面的法律法规，住建部颁发的物业管理师证书具有较高的权威性和认可度，被认为是最好的物业管理师证书。

2、国家人力资源和社会保障部（简称人社部）：人社部是中国政府主管人力资源和社会保障事务的部门，负责制定和实施劳动就业、职业培训、社会保险等方面的政策法规，人社部颁发的物业管理师证书在行业内也具有一定的认可度。

3、地方住房和城乡建设管理部门：各省、自治区、直辖市住房和城乡建设管理部门负责本行政区域内的住房和城乡建设管理工作，包括物业管理，这些部门颁发的物业管理师证书在本行政区域内具有一定的认可度。

4、行业协会和专业机构：如中国物业管理协会、中国房地产业协会等，这些协会和机构颁发的物业管理师证书在行业内具有一定的影响力和认可度。

哪个部门的物业管理师证书最好呢？这需要从以下几个方面来考虑：

1、权威性：从政府部门的角度来看，住建部作为国家级主管部门，其颁发的物业管理师证书具有最高的权威性，人社部和地方住房和城乡建设管理部门颁发的证书在权威性上相对较低，行业协会和专业机构颁发的证书虽然具有一定的影响力，但在权威性上仍无法与政府部门相比。

2、认可度：物业管理师证书的认可度主要取决于持证人所在地区和行业，在一线城市和大型物业公司，住建部颁发的物业管理师证书认可度较高，在二三线城市和中小型物业公司，地方住房和城乡建设管理部门、行业协会和专业机构颁发的证书认可度较高。

3、考试难度：不同部门的物业管理师考试难度可能有所不同，住建部的物业管理师考试难度较高，但通过考试后所获得的证书认可度也较高，地方住房和城乡建设管理部门、行业协会和专业机构的物业管理师考试难度相对较低，但所获得的证书认可度也相对较低。

4、费用：不同部门的物业管理师考试费用可能有所不同，住建部的物业管理师考试费用较高，但所获得的证书价值也较高，地方住房和城乡建设管理部门、行业协会和专业机构的物业管理师考试费用相对较低，但所获得的证书价值也相对较低。

要判断哪个部门的物业管理师证书最好，需要根据持证人所在地区、行业和个人需求来综合考虑，如果追求权威性和认可度，建议选择住建部的物业管理师证书；如果追求考试难度和费用，可以选择地方住房和城乡建设管理部门、行业协会和专业机构的物业管理师证书。