心理咨询师证书是由国家授权的专门机构进行发放的，这些机构通常是教育部门或者卫生健康部门，心理咨询师证书的发证机构主要是中国心理卫生协会和国家卫生健康委员会。

中国心理卫生协会是全国性的专业学术团体，其主要职责是推动心理学科的发展，提高心理咨询师的专业素质，维护心理咨询师的合法权益，该协会设有心理咨询师资格考试和认证工作委员会，负责组织和管理心理咨询师的资格考试和认证工作，通过考试并获得认证的心理咨询师，可以获得由中国心理卫生协会颁发的心理咨询师证书。

国家卫生健康委员会是国家的卫生健康行政管理部门，其主要职责是制定卫生健康政策，监督和管理卫生健康工作，该委员会设有心理健康处，负责心理健康工作的管理和监督，在心理咨询师证书的发放方面，国家卫生健康委员会主要负责对心理咨询师的资格进行审核和确认，确保获得证书的心理咨询师具备相应的专业素质和能力。

除了中国心理卫生协会和国家卫生健康委员会，一些地方性的教育和卫生健康部门也可能设有心理咨询师证书的发证机构，这些机构通常会根据国家的相关标准和要求，结合本地的实际情况，进行心理咨询师的资格考试和认证工作。

心理咨询师证书的发证机构是多元化的，既有全国性的专业学术团体和行政管理部门，也有地方性的教育和卫生健康部门，这些机构共同构成了心理咨询师证书的发证体系，为心理咨询师的专业发展提供了保障。

无论哪个机构发放的心理咨询师证书，其权威性和认可度都取决于证书持有人的专业素质和能力，对于想要成为心理咨询师的人来说，不仅要通过考试获得证书，更要不断提升自己的专业知识和技能，提高自己的咨询实践能力，才能真正成为一名合格的心理咨询师。