心理咨询师证书是由国家相关部门颁发的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的资格和能力，心理咨询师证书的颁发主要由以下几个部门负责：

1、国家卫生健康委员会（National Health Commission，简称NHC）：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施卫生政策、法规和标准，在心理咨询领域，国家卫生健康委员会主要负责对心理咨询师的培训、考核和认证工作进行指导和管理。

2、中国心理卫生协会（China Association of Psychological Science，简称CAPS）：中国心理卫生协会是全国性的心理卫生专业组织，负责组织和实施心理咨询师的培训、考核和认证工作，中国心理卫生协会与国家卫生健康委员会密切合作，共同推动心理咨询事业的发展。

3、地方卫生健康行政部门：在国家卫生健康委员会和中国心理卫生协会的指导下，各省级卫生健康行政部门负责组织和实施本地区心理咨询师的培训、考核和认证工作，各地卫生健康行政部门通常会设立专门的心理咨询师认证机构，负责具体的认证工作。

4、专业培训机构：除了政府部门，还有一些专业的心理咨询师培训机构，如心理学院、心理咨询中心等，也会开展心理咨询师的培训和认证工作，这些培训机构通常与国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会等部门保持紧密联系，确保培训和认证工作的质量和水平。

心理咨询师证书的颁发流程一般包括以下几个步骤：

1、报名参加培训：有意从事心理咨询工作的人员需要报名参加心理咨询师培训课程，培训课程通常包括心理学基础知识、心理咨询技巧、心理评估方法等内容。

2、参加培训和考核：培训课程结束后，学员需要参加由国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会等部门组织的考核，考核形式通常包括笔试、实践操作等，以测试学员的理论知识和实际操作能力。

3、获得资格证书：通过考核的学员将获得心理咨询师资格证书，证书上会注明学员的姓名、性别、出生日期、证书编号等信息，以及发证部门和发证日期。

4、注册备案：获得心理咨询师资格证书后，学员还需要向所在地的卫生健康行政部门或其指定的认证机构进行注册备案，注册备案的目的是加强对心理咨询师的管理，确保其从业行为符合法律法规和行业规范。

5、持续教育：为了提高心理咨询师的业务水平和服务质量，持证人需要定期参加持续教育培训，持续教育培训通常包括新的心理学理论、技术和方法，以及职业道德、法律法规等内容。

心理咨询师证书的颁发主要由国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会等部门负责，通过参加培训、考核和注册备案等程序，持证人可以获得心理咨询师资格证书，持证人还需要定期参加持续教育培训，以提高自己的业务水平和服务质量。