心理咨询师证书是由多个部门发放的，这些部门包括国家卫生健康委员会、教育部、人力资源和社会保障部等，这些部门各自负责不同的领域和层次的心理咨询师培训和认证工作，以满足社会对心理健康服务的需求。

国家卫生健康委员会是主管全国卫生健康工作的政府部门，其主要职责是制定卫生健康政策、法规和标准，组织实施卫生健康规划，监督管理卫生健康工作，在心理咨询领域，国家卫生健康委员会主要负责制定心理咨询师的职业标准和培训大纲，组织全国性的心理咨询师资格考试，以及对心理咨询师进行职业资格认定和监督管理。

教育部是主管全国教育工作的政府部门，其主要职责是制定教育政策、法规和标准，组织实施教育事业发展规划，监督管理教育工作，在心理咨询领域，教育部主要负责推动心理咨询师的教育培训工作，支持高校和职业院校开设心理咨询专业，培养心理咨询师人才，教育部还通过教师资格认证制度，对从事学校心理健康教育的教师进行资格认定和管理。

人力资源和社会保障部是主管全国人力资源和社会保障工作的政府部门，其主要职责是制定人力资源和社会保障政策、法规和标准，组织实施人力资源和社会保障规划，监督管理人力资源和社会保障工作，在心理咨询领域，人力资源和社会保障部主要负责推动心理咨询师的职业培训和技能鉴定工作，支持企业和社会组织开展心理咨询师的培训和认证工作，以及指导和监督心理咨询师的职业发展和服务体系建设。

除了上述三个主要部门外，还有一些其他部门和机构也在参与心理咨询师证书的发放工作，中国心理学会作为全国性的心理学专业学术组织，也承担着心理咨询师的培训和认证工作，一些民间组织和企业也通过开展心理咨询师培训和认证项目，为社会提供专业的心理咨询服务。