创业指导师证书是由国家相关部门颁发的一种职业资格证书，主要用于证明持证人具备一定的创业指导能力和专业知识，创业指导师证书的颁发部门主要有以下几个：

1、人力资源和社会保障部

人力资源和社会保障部是中国政府主管人力资源和社会保障事务的部门，负责制定和实施国家人力资源和社会保障政策、法规和规划，该部门下设的职业能力建设司负责组织和实施全国职业培训工作，包括创业指导师的培训和认证，通过人力资源和社会保障部颁发的创业指导师证书具有很高的权威性和认可度。

2、国家工商行政管理总局

国家工商行政管理总局是中国政府主管市场监管和行政执法的部门，负责维护市场秩序，保护消费者权益，促进经济发展，该部门下设的创业指导服务中心负责组织实施全国创业指导服务工作，包括创业指导师的培训和认证，通过国家工商行政管理总局颁发的创业指导师证书在工商领域具有较高的认可度。

3、中国就业培训技术指导中心

中国就业培训技术指导中心是中国政府主管就业培训和技术指导的部门，负责组织实施全国就业培训和技术指导工作，包括创业指导师的培训和认证，通过中国就业培训技术指导中心颁发的创业指导师证书在就业培训领域具有较高的认可度。

4、地方政府相关部门

除了国家级部门，各地方政府也设有相关部门负责创业指导师的培训和认证工作，如人力资源和社会保障局、工商局等，这些部门颁发的创业指导师证书在本地区具有一定的认可度，对于创业者在当地开展业务有一定的帮助。

5、行业协会和培训机构

一些行业协会和培训机构也会开展创业指导师的培训和认证工作，如中国创业教育协会、各地创业学院等，这些机构颁发的创业指导师证书在行业内具有一定的认可度，对于创业者在行业内拓展业务有一定的帮助。

创业指导师证书的颁发部门有很多，不同的部门颁发的证书在认可度和适用范围上有所不同，创业者可以根据自己的需求和所在地区的实际情况，选择合适的部门进行创业指导师的培训和认证，创业者还应该不断提高自己的创业指导能力和专业知识，为创业者提供更专业、更全面的创业指导服务。

创业指导师证书的申请流程一般包括以下几个步骤：

1、报名参加培训：创业者需要先报名参加创业指导师培训课程，学习相关的创业指导理论和实践技能。

2、参加培训考试：培训结束后，创业者需要参加培训考试，考试内容包括创业指导理论知识、实践技能和案例分析等。

3、提交申请材料：考试合格后，创业者需要提交相关申请材料，如身份证、学历证明、培训证书等。

4、领取创业指导师证书：审核通过后，创业者可以领取创业指导师证书，正式成为具备创业指导资格的专业指导师。

创业指导师证书的颁发部门有很多，创业者可以根据自己的需求和所在地区的实际情况，选择合适的部门进行创业指导师的培训和认证，创业者还应该不断提高自己的创业指导能力和专业知识，为创业者提供更专业、更全面的创业指导服务。