中国医学科学院心理咨询师证书和中科院（中国科学院）的证书在性质、目的和认可程度上有一定的区别，下面将从以下几个方面进行详细阐述：

1、性质上的区别：

中国医学科学院心理咨询师证书是由中国医学科学院心理研究所颁发的，主要针对从事心理咨询工作的专业人士，这个证书的目的是为了规范心理咨询行业的发展，提高心理咨询师的专业素质，保障广大人民群众的心理健康。

而中科院（中国科学院）是中国最高学术机构和全国自然科学与高新技术的研究与发展中心，其颁发的证书主要是针对科研人员和研究生，这些证书的目的是对科研人员和研究生的学术成果进行认可，提高科研水平和创新能力。

2、目的上的区别：

中国医学科学院心理咨询师证书的主要目的是培养专业的心理咨询师，提高心理咨询行业的服务质量，通过培训和考试，使心理咨询师掌握心理咨询的基本理论、方法和技能，具备独立开展心理咨询工作的能力，这个证书也是对心理咨询师专业素质的一种保证，有助于提高心理咨询行业的整体水平。

而中科院（中国科学院）的证书主要是为了激励科研人员和研究生，提高科研水平和创新能力，通过颁发证书，对科研人员和研究生的学术成果进行认可，鼓励他们继续深入研究，为国家的科技创新和发展做出贡献。

3、认可程度上的区别：

中国医学科学院心理咨询师证书在心理咨询行业具有较高的认可度，持有这个证书的心理咨询师，通常具备较高的专业素质和服务能力，能够为广大人民群众提供专业、有效的心理咨询服务，这个证书对于心理咨询师的职业生涯和发展具有重要意义。

而中科院（中国科学院）的证书在学术界具有很高的权威性，持有这个证书的科研人员和研究生，通常具备较强的学术能力和创新精神，能够在科研领域取得较高的成就，这个证书对于科研人员和研究生的学术发展和职业晋升具有重要意义。

4、适用范围上的区别：

中国医学科学院心理咨询师证书主要适用于从事心理咨询工作的专业人士，包括心理咨询师、心理治疗师、心理教育工作者等，这些人员需要具备一定的心理学知识和临床经验，能够为患者提供专业、有效的心理咨询服务。

而中科院（中国科学院）的证书主要适用于科研人员和研究生，包括博士、硕士、博士后等，这些人员主要从事科学研究和技术开发工作，需要具备较强的学术能力和创新精神。

中国医学科学院心理咨询师证书和中科院（中国科学院）的证书在性质、目的和认可程度上有一定的区别，前者主要针对心理咨询行业的专业人士，旨在提高心理咨询行业的服务质量；后者主要针对科研人员和研究生，旨在提高科研水平和创新能力，两者都是对各自领域专业人才的一种认可和激励，对于促进相关领域的发展和进步具有重要意义。