心理咨询师证书的颁发机构主要有卫生健康委员会(简称卫健委)和中国科学院心理研究所，卫健委颁发的心理咨询师证书和中科院颁发的心理咨询师证书哪个更权威呢？这个问题需要从以下几个方面进行分析：

1、颁发机构的权威性

卫生健康委员会(简称卫健委)是中国政府主管卫生和健康工作的部门，其主要职责包括制定卫生健康政策、规划和标准，组织实施国家卫生健康规划，监督管理医疗卫生工作等，卫健委颁发的心理咨询师证书具有较高的权威性。

中国科学院心理研究所是中国科学院下属的一个专门从事心理学研究的机构，其主要职责包括开展心理学基础研究、应用研究和技术开发，培养心理学人才等，虽然中科院心理研究所在心理学领域具有较高的学术地位，但其颁发的心理咨询师证书相对于卫健委颁发的证书，权威性略逊一筹。

2、证书的认可度

卫健委颁发的心理咨询师证书被广泛认可，许多企事业单位、学校、医院等在招聘或选拔心理咨询师时都会要求应聘者具备卫健委颁发的心理咨询师证书，卫健委颁发的心理咨询师证书在全国范围内通用，不受地域限制。

相比之下，中科院颁发的心理咨询师证书在认可度上略逊于卫健委颁发的证书，虽然中科院心理研究所在心理学领域具有较高的学术地位，但其颁发的心理咨询师证书在实际应用中可能受到一定的限制。

3、培训质量和内容

卫健委颁发的心理咨询师证书培训课程涵盖了心理咨询的基本理论、技能和方法，以及职业道德和法律法规等内容，培训课程由经验丰富的专家和教授授课，确保了培训质量。

中科院颁发的心理咨询师证书培训课程同样涵盖了心理咨询的基本理论、技能和方法，以及职业道德和法律法规等内容，培训课程由中科院心理研究所的专家和教授授课，具有较高的学术水平。

4、考试难度和通过率

卫健委颁发的心理咨询师证书考试难度适中，通过率较高，考试内容主要包括心理咨询基本理论、技能和方法，以及职业道德和法律法规等方面，考生在经过系统的培训后，通常能够顺利通过考试。

中科院颁发的心理咨询师证书考试难度相对较高，通过率较低，考试内容同样包括心理咨询基本理论、技能和方法，以及职业道德和法律法规等方面，考生在经过系统的培训后，可能需要付出更多的努力才能顺利通过考试。

卫健委颁发的心理咨询师证书和中科院颁发的心理咨询师证书各有优势，卫健委颁发的证书在权威性、认可度和培训质量方面具有较大优势，而中科院颁发的证书在培训内容和考试难度方面具有一定优势，考生在选择心理咨询师证书时，可以根据自己的需求和实际情况进行综合考虑。