心理咨询师证书发放机构主要是由国家相关部门和专业认证机构来负责，心理咨询师证书的发放主要由国家卫生健康委员会（原卫生部）和国家职业资格认证中心共同负责，这些部门和机构对心理咨询师的培训、考核和认证有着严格的标准和程序，以确保心理咨询师的专业素质和服务质量。

国家卫生健康委员会（原卫生部）是中国政府主管卫生和健康工作的部门，其主要职责包括制定卫生政策、法规和标准，组织实施卫生监督，以及管理医疗卫生机构等，在心理咨询领域，国家卫生健康委员会主要负责制定心理咨询师的职业标准和培训大纲，以及对心理咨询师的执业资格进行审核和管理。

国家职业资格认证中心是国家职业技能鉴定工作的领导机构，其主要职责包括组织实施职业技能鉴定工作，颁发职业资格证书，以及开展职业技能培训等，在心理咨询领域，国家职业资格认证中心主要负责组织心理咨询师的考试和认证工作，以及对心理咨询师的培训和考核进行指导和监督。

除了国家相关部门外，还有一些专业的心理咨询师认证机构，如中国心理卫生协会、中国心理学会等，这些专业认证机构通常会与国家相关部门合作，共同制定心理咨询师的培训和考核标准，以确保心理咨询师的专业素质和服务能力。

心理咨询师证书发放机构主要包括国家卫生健康委员会（原卫生部）、国家职业资格认证中心以及一些专业的心理咨询师认证机构，这些部门和机构通过严格的培训、考核和认证程序，确保心理咨询师具备专业素质和服务能力，为社会提供高质量的心理咨询服务，这些部门和机构还会定期对心理咨询师的执业资格进行审核和管理，以确保心理咨询行业的健康发展。