巧克力囊肿的治疗方案是根据女性的临床症状、体征以及生育的要求来决定的。巧克力囊肿，大部分女性会出现进行性加重的痛经，如果这样的女性已经出现了症状，最好的治疗就是用大剂量的孕激素。如果用药物治疗效果不好，可以手术治疗，手术比较彻底，可以将这样的囊肿给予剔除，尤其是对有生育计划的女性。