怀孕三个月时发烧，首先依据发烧的温度进行不同的处理。对于38.5度以下的低热，可以通过多饮水，适当休息，温水擦浴等方式进行物理降温。38.5度以上的发热，需要寻找发热的原因，进行适当的药物治疗，用于降低体温。引起发热的原因主要是上呼吸道感染较为常见，如果是普通感冒引起的发热大多体温不高，不用特殊处理，而由于流行性感冒导致的发热，可引起持续性的高热、甚至导致肺炎，所以需要早发现、早治疗。