卵巢囊肿手术治疗以后存在的风险主要有：第一，卵巢功能下降，对女性可以引起月经失调，甚至是闭经的可能，尤其是对有生育要求的女性，有可能会导致不孕症的发生。第二，手术不管是行微创下的完成，还是开腹下手术，都是属于一种创伤性的手术操作，手术以后都有可能会出现肠黏连、肠梗阻的可能，以及术后切口感染。第三，如果行单纯的卵巢囊肿手术以后，存在手术以后复发的可能。