食管反流最主要的原因是食管下段括约肌一过性松弛，从而造成含有胃酸的胃液或者含有胆汁十二指肠液反流到食管，引起反流性食管炎。另外和食物因素也有关系。如果进食过饱或者吃辛辣刺激的食物，或者服用降低食管下段括约肌张力药物，也很容易造成食管反流。