三岁小孩牙齿发黑，要考虑存在着牙釉质发育不全的情况，而引起牙釉质发育不良的原因比较多，如在婴儿时期，体内维生素D和钙的缺乏，会影响牙齿正常生长。其次，如果存在着乳牙根尖周组织感染的情况，也会导致牙胚的釉质发育异常。另外，儿童如果发生了龋齿，除了牙齿发黑以外，还会伴有缺损和凹陷的情况。