男性小便疼痛，常见的原因如下：一、尿路感染。尿路中的炎性物质会刺激膀胱黏膜，会引起膀胱刺激症，表现为尿频、尿急、尿痛，可为刺痛感或者烧灼感。二、尿路结石。当较大的结石卡在尿道中，也容易导致小便时疼痛。如果结石划破尿道黏膜，还会引起尿血。