女性长扁平疣是由于感染了人乳头瘤病毒所引起的。人的皮肤黏膜普遍对人乳头瘤病毒易感，当皮肤黏膜受到外伤或其他因素发生破损时，人乳头瘤病毒就容易侵犯皮肤粘膜的组织，进而在局部感染角质，形成细胞出现扁平疣的皮疹。此外，如果患者免疫功能较差，也是容易产生扁平疣的主要的原因之一。