甲状腺肿瘤术后是会有后遗症的，如下：第一，可能出现声音嘶哑，可能在手术过程中损伤喉返神经，严重者还会出现呛咳等。第二，可能出现低钙血症，即在手术中损伤甲状旁腺。第三，还可能出现吞咽困难，相对治疗作用，如果正规治疗则可以忽略不计。