怀孕三个月肚子疼痛，如果程度不重，可能是怀孕期间子宫增大牵拉周围韧带或者是怀孕期间饮食不当，吃了有刺激性的食物，引起胃肠痉挛所致。这个时候可以注意休息，注意保暖，必要时做B超确定宫内胚胎发育的情况，排除因为先兆流产导致的肚子疼痛，如果发现宫腔内有积血，则要做保胎治疗。