奥硝唑和替硝唑都属于同一类抗生素，对革兰氏阴性杆菌和厌氧菌均有很好的作用。但是两者是有一定的区别的，因为替硝唑属于第二代药物，而奥硝唑属于第三代药物。由于替硝唑属于第二代药物，因此奥硝唑相对副作用会更少。使用替硝唑时，如果同时饮酒，有可能会导致双硫仑样反应，而奥硝唑没有这项的副作用，因此，奥硝唑比替硝唑相对更好。此外，奥硝唑在抗厌氧菌和抗滴虫方面也比替硝唑有所加强。