病毒性的病原体检测存在一定的障碍，除非做高水平的实验室研究，会搞得比较明白，医院是做常规检测，PCR、包括抗体检测，准确度都不是太高。病毒性脑炎的病原体检测存在一定的障碍，因为医院主要做常规检测，包括PCR、抗体检测等，准确度不是太高，所以对于病毒性脑炎的病原学检查可能不是那么准确，除非做高水平的实验室研究才能相对比较明白。在某些特殊流行季节，比如乙脑流行时，肠道病毒可能是主要病毒。此外，总体肠道病毒、单纯疱疹病毒等都属于是常见的引起病毒性脑炎的病原体。