手足口病鉴别轻重症，需结合孩子的临床症状决定；大部分手足口病是轻症，可出现特征性的系统症状，提示可能演变成重症疾病。少部分孩子存在重症的感染，只要出现重症感染，可出现多系统的表现。在早期，孩子可出现中枢神经系统的表现，如头痛、呕吐，甚至出现意识改变；还会出现呼吸系统的重症肺炎表现，如呼吸困难、气促、缺氧等。除此以外，孩子还易出现消化道系统的症状，如腹泻，甚至便血等。