阴茎尿道疼痛主要的原因有以下几种：第一、尿道结石，如果结石卡于尿道内，会刺激周围的组织引起充血、水肿和剧烈的疼痛。第二、尿道的炎症引起，与细菌感染有关，会导致局部黏膜充血水肿，会引起疼痛。第三、外伤引起疼痛，如果尿道出现明显的损伤，局部黏膜会出现撕裂也会引起明显的疼痛症状。