男性尿道疼痛的原因如下：一、感染因素，比如尿道炎，由于尿道中存在炎症感染，会对尿道黏膜造成剧烈刺激，便会引起尿道疼痛的症状。一般还伴有尿频、尿急、尿道口脓性分泌物增多等症状。二、尿道结石，由于尿道中存在结石，当男性在排尿时或者是体位改变时结石会移动，便会对尿道造成损伤，从而导致尿道刺痛。