巧克力囊肿恶化的前兆包括：绝经后的巧克力囊肿、患者疼痛的节律改变、卵巢囊肿的直径大于十厘米，影像学检查有恶性的征象。血清CA125水平大于200单位每毫升也是巧克力囊肿恶化的前兆之一。巧克力囊肿患者需要定期进行复查，一旦发现异常，应尽早手术治疗，以免发生恶化。