三个多月宝宝睡觉老是摇头，有可能是以下因素导致的：第一、有可能是头部湿疹导致的，头部皮肤出现湿疹时会引起瘙痒症状，在睡觉时出现摇头的现象。第二、也有可能是脑瘫等疾病引起，如果孩子头部皮肤没有异常现象，建议及时带孩子就医进行诊断。