生化妊娠是卵子和精子结合而没有着床成功，最早期自然流产。通常认为造成生化妊娠的原因和自然流产是一致的，胚胎染色体异常、受精卵有缺陷、卵巢黄体功能不全、孕酮分泌不足、子宫内膜异常、子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔黏连、子宫内膜结核及精神过度紧张等，尤其是因为孕而严重的焦虑心理压力过大等，影响受精卵的着床而发生生化妊娠。