头孢克肟的副作用总体上并不大。头孢克肟的不良反应大多短暂而轻微，最常见有胃肠道的反应，可以出现轻度的腹泻、腹痛、腹胀、恶心、消化不良，偶有皮疹的发生。部分患者有可能出现头痛、头晕等现象，少数患者有转氨酶的升高等。当然，如果对头孢类药物有过敏现象，还可出现休克等严重的过敏皮肤病变等。