小肚子酸痛，有可能是患者存在有泌尿系统疾病、肠道疾病，或者是生殖系统的疾病所导致的。肠道疾病当中的结肠恶性肿瘤、溃疡性结肠炎、肠结核、肠伤寒、阿米巴痢疾，细菌性痢疾等都可能会导致小肚子的酸痛。同时，卵巢囊肿、卵巢炎症或者泌尿系的结石、肿瘤等，也可能会导致以上症状的发生。