乙肝妈妈母婴阻断失败的主要原因在于使用抗病毒药物时间的早晚。通常在妊娠期的26周到28周之间使用抗病毒的药物进行母婴阻断，有极少数乙肝妈妈的病毒复制水平比较高，此时可能需要提前使用抗病毒药物，以达到有效的降低病毒，才能够有效地阻断。如果使用的药物时间比较晚，在临产的时候病毒没有有效的转阴，则有可能造成母婴阻断失败。