一般肠镜检查，对于肠道的损伤并不大。在做肠镜检查的时候循腔进镜，所以比较有经验的医生在做肠镜时患者并不会感到非常痛苦，也不会对肠道造成严重的损伤。如果患者曾经做过腹部手术，有肠道黏连操作可能会引起腹痛或者由于过度牵拉引起肠穿孔。并发症的发生概率是非常低的。