子宫内膜异位症囊肿是子宫内膜异位症的典型表现。子宫内膜异位症就是子宫内膜组织，也就是内膜的腺体和间质，意味着子宫体以外的部位就称作子宫内膜异位症。子宫内膜异位症可以侵犯到全身任何的位置，包括肺、胸膜、肾、输尿管和膀胱，但是卵巢以及宫骶韧带周围最常见。子宫内膜异位囊肿最好发的是卵巢部位，也就是形成了巧克力囊肿。