睡觉起来头疼的原因包括原发性头疼、睡眠环境空气不流通、睡眠时脑部着凉等。原发性头痛患者会有跳动样疼痛感，一般是睡眠质量差或睡眠时间不足导致。睡眠时空气不流通会导致大脑缺氧，从而出现头痛的症状。若头痛的同时还有肌肉酸痛等表现，则是着凉导致。