自费流脑疫苗和免费流脑疫苗是有很大的区别的。第一个区别就在于预防的疾病种类不同。免费的流脑疫苗预防的是a群脑膜炎球菌；而自费的流脑疫苗预防的是a群和C群流脑感染的情况。第二是接种的时间不同。对于免费的流脑疫苗需要在宝宝六到18个月以及第一次接种以后的三个月再接种一次；而自费的疫苗是在宝宝三周岁和六周岁时各接种一次。