甲钴胺副作用相对比较少见，少部分患者会出现皮疹、头痛、发热以及出汗症状，偶可引起血压下降、呼吸困难等严重过敏反应。对于肌内注射给药的患者，会出现局部疼痛和硬结。甲钴胺作为内源性维生素B12，用于治疗缺乏维生素B12引起的巨幼细胞性贫血。除此以外，甲钴胺对神经元传导有良好的改善作用，用于周围神经病治疗。