孕6周有褐色分泌物，首先要考虑先兆流产，要检查黄体功能。如果黄体成为妊娠黄体，有足够的雌孕激素，应该不会影响到胎儿的着床。另外也要考虑有没有着床性阴道出血，由于胚胎着床引起内膜少量的破坏，而出现微量的出血。还要防止宫外孕，要做B超看胚胎着床在宫腔还是在宫腔以外。除此以外，看看阴道有没有炎症，宫颈有没有息肉，这些都可以导致阴道褐色分泌物。