胚胎停止发育的主要原因是因为受精卵的染色体异常、或者是接触了有毒有害的物质、或者是药物的影响，都有可能会导致胚胎停止发育。或者孕妇患有高血、糖尿病、多囊卵巢综合症；免疫性疾病比如系统性红斑狼疮干燥综合症、抗磷脂综合症，这些情况都有可能会出现胚胎停止发育。