长口疮的主要原因是口腔部位出现感染，而感染的病原菌多属于酵母菌类型，见于白色念珠菌。机体产生此类粘膜损害可能与患者免疫机能低下相关，特别是患者出现比较严重的疾病打击，所以免疫机能特别低下。若患者长时间使用抗生素产品组成，则易导致菌群失调，从而诱发再次感染。