两边太阳穴胀痛首先考虑是原发性头疼，而且是波动性疼痛。还考虑是否有脑血管病风险，比如脑出血、脑梗塞以及颅内高压或者膜下腔出血、颅内炎症、脑膜炎等。再有高血压发作时，也会出现太阳穴两边疼痛现象。此外还可能是发烧引起的两侧太阳穴区域疼痛。