儿童无痛胃镜对儿童身体伤害不大。一般孩子做胃镜选用的是专门的小儿胃镜，可减少在操作过程中的痛苦感 。此外孩子抵抗行为少，也不会出现意外伤害，而且操作医生是经过专业训练技术娴熟，因此儿童无痛胃镜安全系数比较高，不用过多担心和害怕。但做儿童无痛胃镜或多或少会产生些负面影响，如恐惧心理、精神紧张、睡眠不安、情绪不稳。擦胃管时可能会损伤咽喉部黏膜，导致咽喉不适等情况。