绝大部分先天性巨结肠孩子手术完之后可以恢复正常。绝大部分先天性巨结肠孩子手术完之后可以恢复正常。手术的恢复程度和病变累及长度有关系。一般短段型或常见型巨结肠能保留相当长的结肠，所以手术完之后可以恢复到基本正常的排便。全结肠型巨结肠累及到的肠管包括所有的大肠以及一部分的小肠，这类患者手术完之后没有结肠的残留，大便次数会多，早期容易出现大便失禁，经过排便功能训练以及药物的治疗，也能接近于正常的生活。