引起间质性肺炎的原因有很多种，首先是感染性因素，例如由真菌、细菌、病毒、结核分枝杆菌引起相应的间质性肺炎。其次是职业或家居环境因素，例如长期吸入粉尘、尘螨等，特别是过敏性肺泡炎等。此外，药物性因素也可以导致，例如胺碘酮、甲氨蝶呤、放射性治疗等。某些结缔组织病或血管炎而引起，特别是类风湿性关节炎、多发性肌炎、皮肌炎、干燥综合征、系统性红斑狼疮等。当然还有少数未知病因的患者。