腰两侧隐隐作痛，首先应该考虑是腰肌劳损导致。长期腰部受力受累，容易出现肌肉损伤，进而出现隐隐作痛不适感。除此以外，肾脏疾病也是导致腰两侧隐隐作痛原因之一，比如肾结石、输尿管结石以及肾炎、肾脓肿等。肾脏疾病需要尽快治疗，否则病情加重，有可能导致肾功能衰竭。