自身免疫性脑炎的严重程度与侵犯脑组织的大小、病人自身是否合并基础疾病，以及治疗是否及时有密切关系。对于侵犯脑组织较少，且处于非重要部位，病人自身未合并其它基础疾病，则自身免疫性脑炎可表现出记忆力减退或者轻度意识障碍；此时只要治疗得当，则预后良好。对于侵犯脑组织较多，且处于重要部位，病人自身合并有高血压、糖尿病等基础疾病，则病情相对较严重，预后较差。