先天性巨结肠一般是不会影响小孩的智力的，但是如果患儿的先天性巨结肠还合并有一些其他畸形，如唐氏综合征，出现这种情况就要可能会影响患儿的智力。先天性巨结肠一般是不会影响小孩的智力的，但是如果患儿的先天性巨结肠还合并有一些其他畸形，如唐氏综合征，出现这种情况就要可能会影响患儿的智力。先天性巨结肠应及时进行治疗，早期积极的治疗会有比较好的效果。