抗生素的不良反应主要包括以下几方面：一、神经系统毒性反应，氨基糖苷类抗生素损害第八对脑神经，可引起耳鸣、眩晕、耳聋，大剂量青霉素剂或半合成青霉素可引起神经肌肉阻滞，表现为呼吸抑制、甚至呼吸骤停。氯霉素、环丝氨酸可引起精神病反应等。二、造血系统毒性反应，氯霉素可引起再障性贫血，氯霉素、链霉素、新生霉素等，有时可引起粒细胞缺乏。庆大霉素、卡那霉素、利奈唑胺，可引起白细胞减少。头孢菌素类药物可以引起红细胞、白细胞、血小板减少、嗜酸性粒细胞增加。三、肝肾毒性反应，妥布霉素可引起转氨酶升高，多黏菌素类、氨基糖苷类及磺胺类药物，可引起肾小管损害。四、胃肠道反应，口服抗生素后可引起胃部不适，如恶心、呕吐、上腹饱胀及食欲减退等。五、抗生素可引起菌群失调，引起维生素B族和维生素K缺乏，也可以引起二重感染，如伪膜性肠炎、急性出血肠炎、念珠菌感染等，林可霉素和氯林可霉素引起的伪膜性肠炎较多见。急性出血性肠炎主要是由半合成青霉素引起，以氨苄青霉素引起机会较多。