十二指肠炎可以口服抑制胃酸分泌的药物、胃粘膜药物治疗。抑制胃酸分泌的药物可以选择奥美拉唑、兰索拉唑以及雷贝拉唑等。也能选择西米替丁、法莫替丁、雷尼替丁等药物。保护胃粘膜药物有铝碳酸镁、硫糖铝等。有些中成药也可治疗十二指肠炎，如气滞胃痛颗粒。