月经干净两天同房会不会怀孕，需要根据月经周期长短和月经持续时间长短决定。如果月经周期比较短，月经持续时间比较长，月经干净两天同房，就有可能排卵，这时同房可能会怀孕。如果月经周期比较长，排卵时间相应推迟，这时同房就不会怀孕。